PPI(ProteinProtein Interaction)数据库首要用于存储和供给蛋白质之间的相互作用信息,这关于了解蛋白质在细胞内的功用、调控网络以及生物学进程具有重要意义。以下是几个常用的PPI数据库及其特色:

1. STRING数据库: 简介:STRING是一个综合性的蛋白质相互作用数据库,收录了超越5000个物种、2千多万种蛋白、30多亿个相互作用的信息。 功用:STRING不只供给已知的蛋白质相互作用数据,还运用生物信息学办法猜测蛋白质之间的相互作用。它支撑多种功用剖析,如功用富集剖析(GO、KEGG)。 。

2. BioGRID数据库: 简介:BioGRID是一个生物医学互动库,经过全面的管理工作汇编数据,现在版别为4.4.242,收录了2,834,410个蛋白质和遗传相互作用。 功用:BioGRID数据库供给了试验验证和猜测的蛋白质相互作用信息,支撑生物分子复合物结构和功用研讨。 。

3. MINT数据库: 简介:MINT(molecular interaction database)是一个由专家审阅过的蛋白质相互作用数据库,涵盖了607个物种,共117,001个蛋白质相互作用联系。 功用:MINT数据库中的蛋白质相互作用都是由试验依据支撑的,供给了具体的互作信息。 。

4. DIP数据库: 简介:DIP(Database of Interacting Proteins)是一个搜集、收拾和存储蛋白质相互作用数据的数据库,支撑生物分子复合物结构和功用研讨。 功用:DIP数据库供给了很多的试验验证的蛋白质相互作用数据,有助于研讨蛋白质在细胞内的功用。 。

5. IntAct数据库: 简介:IntAct是一个搜集和展现蛋白质相互作用的数据库,支撑生物分子复合物结构和功用研讨。 功用:IntAct数据库供给了全面的蛋白质相互作用数据,支撑多种生物信息学剖析。 。

这些数据库为生物学家供给了丰厚的蛋白质相互作用数据,协助研讨人员更好地了解蛋白质在细胞内的功用及其调控机制。假如您有特定的研讨需求,能够依据这些数据库的特色挑选合适的东西。

深化解析PPI数据库:探究蛋白质互作国际的钥匙

蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)是生物体内最基本的生命活动之一,它触及蛋白质之间的相互作用,然后调控细胞内的信号传导、代谢途径和基因表达等进程。为了更好地了解和研讨PPI,科学家们开发了多种PPI数据库,这些数据库成为了探究蛋白质互作国际的钥匙。

STRING数据库:一个广泛运用的蛋白质相互作用数据库,供给了丰厚的蛋白质相互作用网络和功用注释信息。

BioGRID数据库:一个生物分子相互作用数据库,包含了很多的蛋白质-蛋白质相互作用数据。

GeneMANIA数据库:一个根据机器学习的PPI数据库,能够猜测蛋白质之间的相互作用和功用。

IntAct数据库:一个整合了多种生物分子相互作用的数据库,包含蛋白质、RNA和DNA等。

STRING数据库(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins)是一个根据试验验证和核算猜测的蛋白质相互作用数据库。它供给了以下功用:

蛋白质相互作用网络:STRING数据库供给了一个交互式的蛋白质相互作用网络,用户能够可视化特定蛋白质或基因的相互作用联系。

信号传导通路:STRING数据库整合了多种信号通路的注释信息,用户能够查找特定通路中的蛋白质,并了解它们之间的相互作用和功用。

功用注释:STRING数据库供给了广泛的蛋白质功用注释信息,包含基因本体(Gene Ontology)注释、蛋白质域注释和拓扑域猜测等。

蛋白质功用猜测:经过剖析蛋白质之间的相互作用联系,能够猜测蛋白质的功用和生物学进程。

疾病研讨:PPI数据库能够协助研讨人员发现与疾病相关的蛋白质相互作用,然后为疾病的医治供给新的思路。

药物研制:PPI数据库能够用于发现药物靶点,然后加快药物研制进程。

体系生物学研讨:PPI数据库为体系生物学研讨供给了丰厚的数据资源,有助于了解细胞内杂乱的生物学进程。

数据整合:将更多品种的生物分子相互作用数据整合到PPI数据库中,如RNA-DNA相互作用、蛋白质-小分子相互作用等。

核算猜测:运用机器学习等核算办法,进步PPI猜测的准确性和可靠性。

可视化东西:开发更强壮的可视化东西,协助用户更好地了解和剖析PPI数据。

用户界面:优化用户界面,进步PPI数据库的易用性和用户体会。

PPI数据库是探究蛋白质互作国际的有力东西,它们为生物信息学研讨和生物学研讨供给了丰厚的数据资源。跟着技能的不断发展,PPI数据库将持续发挥重要作用,为人类健康和疾病医治供给新的思路。